История становления института началась в 1975 году, когда по приказу Министерства геологии СССР было образовано Западно-Сибирское отделение ВНИИГеофизики.

Директором предприятия назначается Владимир Константинович Монастырев, чья энергичная и целенаправленная деятельность, при поддержке государственных органов и руководства отрасли, позволила в относительно короткие сроки создать ядро высококвалифицированных специалистов и обеспечить их самыми передовыми на тот момент средствами и условиями выполнения работ.

С первых дней основания руководство института придавало большое значение изобретению новых отечественных методов поиска углеводородного сырья. За десятилетие существования ЗапСибВНИИГеофизики был выполнен ряд крупных научно-технических разработок, имевших не только региональное значение, но и нашедших применение в других регионах СССР. В это время также были заложены первые крупные контакты с зарубежными компаниями по разработке и совместному внедрению новых геофизических технологий.

Наиболее значимыми работами этого этапа являются:

• Первая отечественная интерпретационная система «ИНТЕРСЕЙС» (В.В. Жданович, Б.В. Монастырёв, С.Н. Щёкин).
• Экспедиционная обрабатывающая система ЭГОС (П.П. Пацюк, В.С. Шангин, С.В. Монастырёв). Разработка выполнялась в сотрудничестве с Венгерским институтом им. Л. Этвеша (ЭЛГИ) и объединением «Видеотон».
• Способ ОГП МПВ (общая глубинная площадка преломленных волн (В.К. Монастырёв, Ю.В. Ознобихин, Г.М. Голошубин, В.М. Вингалов)).
• Внедрение в практику сейсморазведочных работ Западной Сибири сейсморазведки 3Д (Р.М. Бембель, В.И. Кузнецов).
• Разработка комплекса автоматизации и механизации сейсморазведочных исследований (Б.М. Козак, В.А. Хаймович, А.В. Верховцеев, А.Ю. Коршунов, Ю.Л. Шабуров).
• Разноплановые работы по совершенствованию и внедрению новых методик и технологий ГИС (В.С. Кудрявцев, О.М. Нелепченко, В.В. Хабаров).

Следующий этап развития института начинается в 1986 году, когда на базе ЗапСибВНИИГеофизики создается Западно-Сибирский научно-исследовательский институт геофизических методов разведки (ЗапСибНИИГеофизика) с его непосредственным подчинением Главтюменьгеологии.

Директором ЗапСибНИИГеофизики назначается Анатолий Родионович Малык, обладающий большим опытом руководства крупными геофизическими производственными организациями Главтюменьгеологии, хорошо знакомый с практикой внедрения новых геофизических методик и технологий, оценкой геологической эффективности этих разработок в производственных подразделениях Главтюменьгеологии.

В это время существенно изменяется направление научно-исследовательских работ института. В первые годы (1986-2000) институт продолжает выполнять тематику научно-исследовательских работ, утверждаемую в Министерстве геологии РСФСР с финансированием из федерального бюджета как на научно-исследовательские, так и на геолого-разведочные работы.

Продолжаются работы по внедрению разработок института прошлыхлет – как в регионах СССР, так и за его рубежами (способ ОГП МПВ в Эфиопии, Китае; системы ЭГОС в Йемене) (Ю.В. Ознобихин, П.П. Пацюк, В.С. Шангин, С.В. Монастырёв).

Сотрудничество с зарубежными компаниями выходит на новый уровень: проводятся совместные полевые высокоточные работы с компанией «Норск-Гидро» (Норвегия) по определению в условиях Западной Сибири эффективности работ по методике «Снежная коса» с использованием взрывных, в том числе поверхностных источников возбуждения. Последующая обработка материалов позволяет экспериментально определить роль искажений, связанных со строением верхней части разреза на точность структурных построений по данным МОВ и наметить направление разработки аппарата их компенсации.

В институте создаётся и начинает функционировать современный для того времени вычислительный центр по обработке материалов региональных геофизических работ. На базе этого центра получают развитие работы по переобработке и комплексной геолого-геофизической интерпретации материалов региональных геофизических исследований (А.А. Нежданов, В.К. Коркунов, В.Н. Воронов).

Получает новый импульс развитие работ, связанных с геолого-геофизическим обоснованием для создания региональных и детальных моделей геологических объектов, разрабатываются основы применения сейсмостратиграфии для условий Западной Сибири (А.А. Нежданов).

Продолжается разработка технологий прогноза характера флюидонасыщения пород-коллекторов по сейсмическим данным (Г.М. Голошубин, В.М. Вингалов).

В марте 1998 года при энергичной инициативе директора ЗапСибНИИГеофизики А.Р. Малыка было заключено соглашение между Министерством природных ресурсов РФ, администрациями Тюменской области, ХМАО, ЯНАО и институтом о научно-техническом и технологическом обеспечении федеральных и региональных программ геологического изучения Западной Сибири на 1998–2005 годы.

По этому соглашению ЗапСибНИИГеофизика был определён как федерально-региональный базовый институт на территории Тюменской области по научно-методическому обеспечению исследований недр, сопровождению геолого-разведочных работ за счёт различных источников финансирования, призванный реализовывать государственную научно-техническую политику по изучению и освоению минерально-сырьевой базы Западно-Сибирского региона.

В соответствии с этим в 1999 году институт получает статус федерального государственного унитарного предприятия с переименованием названия на Западно-Сибирский научно-исследовательский институт геологии и геофизики (ФГУП «ЗапСибНИИГГ»).

Наиболее значимыми разработками института в рассматриваемый период являются:

• Первые в системе Министерства геологии РСФСР опорные региональные геолого-геофизические профили, созданные на основе комплексной переинтерпретации геофизических съёмок прошлых лет.
• Разработаны основы применения сейсмостратиграфии для геолого-геофизических условий Западной Сибири и обоснования региональных и детальных моделей геологических объектов.
• Разработана технология прогноза флюидонасыщенных пород-коллекторов по сейсмическим данным.
• Экспериментально подтверждены на региональных материалах разрабатываемые основы алгоритмического комплекса по коррекции структурных построений при учёте неоднородного строения ВЧР.
• Разработана методика и технология экологически щадящих систем 2Д и начато их производственное применение в южных районах Западной Сибири.

В январе 2004 года директором института был назначен Игорь Викторович Шпуров.

Распоряжением Правительства Российской Федерации № 22-Р от 09.01.2004 года ЗапСибНИИГГ вносится в список стратегических предприятий и организаций РФ и происходит существенная смена направления работ института и стратегии его дальнейшего развития.

Укрепляются и развиваются связи с федеральными и региональными структурами власти. По заданию Правительства Тюменской области институт разрабатывает территориальную программу геологического изучения и воспроизводства углеводородного сырья, подземных вод и твёрдых полезных ископаемых юга Тюменской области на 2005–2010 годы. Программа утверждается администрацией Тюменской области. В последующем эта программа сыграла значительную роль в принятии управленческих решений по развитию недропользования Тюменской области. Благодаря выполнению программы на территории региона был создан новый нефтедобывающий район со значительной сырьевой базой, обеспечивающий уверенный рост нефтедобычи в настоящее время и на долгосрочную перспективу (Уватский проект).

Укрепляются и развиваются связи с ведущими научно-исследовательскими институтами геологического профиля РАН и РАЕН, научно-исследовательскими центрами организаций Роснедр и производственными организациями. Со многими из них («ИПНГ РАН», «ИГЭП РАЕН», «НАЦ РН им. В.И. Шпильмана», «ВНИГНИ», «ТНК-ВР» и др.) начинается составление совместных программ и работа по общим тематикам. По южным районам Западной Сибири (Тюменская, Курганская, Омская, Томская, Новосибирская области) институт совместно с ВНИГНИ решает задачи по аналитическому сопровождению деятельности Федерального агентства по недропользованию, в том числе осуществляет мониторинг выполнения лицензионных соглашений, готовит программу геологического изучения и осуществляет оценку ресурсной базы территории.

По заданию Правительства Тюменской области, начиная с 2004 года, институт совместно с Департаментом недропользования и экологии Тюменской области организует и проводит ежегодные научно-практические конференции «Состояние, тенденции и проблемы развития нефтегазового потенциала Западной Сибири», в которых принимает участие широкий круг научно-исследовательских организаций и центров, занимающихся решением проблем развития Тюменской области, и предприятий нефтегазового комплекса.

Происходит коренная реорганизация внутренней структуры института. В 2006 году в соответствии с решением Правительства РФ завершается процесс реорганизации института и присоединения к нему научных и информационных активов Главтюменьгеологии – в том числе и ФГУП «ЗапСибГеоНАЦ». В результате во ФГУП «ЗапСибНИИГГ» формируется уникальный банк знаний о состоянии геологической изученности Западно-Сибирского региона практически со времени первых целенаправленных работ на этой территории.

Главными направлениями деятельности определяются:
• Продолжение региональных сейсморазведочных работ по системам экологически щадящих методик в южных районах Тюменской и Омской областей, проведение опытно-методических работ по разработке многоволновой сейсморазведки.
• Развитие инновационных технологий в обработке и интерпретации данных сейсморазведки.
• Подсчёт запасов, проектирование и анализ проектов разработки месторождений углеводородов. Мониторинг за состоянием и использованием минерально-сырьевой базы региона.

Высокое качество выполняемых институтом работ было отмечено многими заказчиками. За разработку комплекса методик и технологий в геологоразведке, способствующих развитию минерально-сырьевой базы юга Западно-Сибирской нефтегазоносной провинции, в 2008 году коллективу сотрудников института (А.С. Тимчук, Ю.А. Цимбалюк, В.Н. Воронов, Ю.В. Ознобихин, М.Г. Леонов, Б.М. Козак, Я.В. Роженас) присуждена региональная премия им. В.И. Муравленко.В 2007 году институт стал «Предприятием высокой эффективности финансовой деятельности».

Состав научно-исследовательских, тематических работ института и высокое качество их исполнения были основанием для решения Правительства РФ № 1226-р от 20.08.2009 года о сохранении за ФГУП «ЗапСибНИИГГ» статуса стратегического предприятия Российской Федерации.

Наиболее значимыми достижениями института в период с 2005 по 2013 годы стали:

• Формирование института ЗапСибНИИГГ в качестве ведущего государственного геолого-геофизического предприятия Роснедр по Западной Сибири.
• Формирование сети опорных региональных геолого-геофизических профилей в южной части Тюменской и Омской областей.
• Составление территориальной программы геологического изучения и воспроизводства УВС южных районов Тюменской области на 2005-2010 гг.
• Разработка постоянно действующей геолого-геофизической модели всего комплекса нефтегазоперспективных объектов Западной Сибири и ее наполнение. Содержательная часть этой информационной системы способствует принятию оптимальных решений по направлениям развития нефтегазового комплекса Западной Сибири.
• Обновление и расширение общей тематики выполняемых исследований, с включением блока многоплановых работ по подсчету запасов УВС, составлению и экспертизе проектов разработки месторождений, мониторингу за развитием и освоением сырьевой базы УВС и эффективным недропользованием.
• Завершение первого этапа разработки технологии многоволновой сейсморазведки для условий Западной Сибири.
• Внедрение и адаптация к геологическим условиям Западной Сибири современной высокоэффективной технологии обработки сейсморазведочной информации Geomage Multifocusing.
  
• Разработка технологии прогноза характера флюидонасыщения пород-коллекторов по комплексу геофизических методов.